Investigación Social Abierta

class: front

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Para correr en ATOM
- open terminal, abrir R (simplemente, R y enter)
- rmarkdown::render('static/docpres/07_interacciones/7interacciones.Rmd', 'xaringan::moon_reader')

About macros.js: permite escalar las imágenes como [scale 50%](path to image), hay si que grabar ese archivo js en el directorio.
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.pull-left[
# Ciencia Social Abierta
## cienciasocialabierta.netlify.app
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## Juan Carlos Castillo
## Sociología FACSO - UChile
## 1er Sem 2020
]

.pull-right[
.right[
![:scale 70%](https://cienciasocialabierta.netlify.com/img/hex_multiva.png)
]

## Sesión 6: *Flujo de trabajo reproducible*
]

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layout: true
class: animated, fadeIn

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# ¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

![](https://juancarloscastillo.github.io/in-socabi/images/healeysworkflow.png)

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# ¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

A. ad-hoc (menos reproducible)
  - cada investigador define numero de archivos, nombres, carpetas y organización
  - explicar al resto cómo se organiza
  - documentar en un archivo cómo se organiza
  
--> reproducibilidad y transparencia **LIMITADA**

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# ¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

B. *Protocolo* de trabajo reproducible

- **estructura** de carpetas y archivos interconectados que refieren a un estándar de estructura
  
  - **autocontenido**: toda la información necesaria para la reproducibilidad se encuentra en la carpeta raíz o directorio de trabajo.

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# Protocolos reproducibles

.center[
![:scale 70%](https://juancarloscastillo.github.io/ipo/standards.png)
]

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# Ejemplo protocolo reproducible: [TIER](https://www.projecttier.org/)
.center[
![:scale 60%](tier.png)
]

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.pull-left-narrow[
# Protocolo TIER
]

.pull-right-wide[
![:scale 100%](tierfolders.png)
]

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class: roja, middle, center

# Protocolo IPO

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.center[
![:scale 85%](ipo-front.png)
]

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# Protocolo IPO - Estructura de archivos y carpetas

![](ipofolder.png)

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# Protocolo IPO y artículos en RMarkdown

- RMarkdown tiene una lógica en sí reproducible, y puede simplificar el uso de protocolos.

- Si todo el procesamiento se hace en el mismo documento paper.Rmd, entonces basta con la carpeta input de IPO.

- Alternativa (recomendada): hacer la preparación en código externo (carpeta proc) y el análisis en el paper.Rmd.

- Es solo una **propuesta**, el sentido último es la reproducibilidad más que el cumplimiento estricto

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# Protocolo IPO

- mayores detalles y plantilla de carpetas:

.center[

# https://juancarloscastillo.github.io/ipo

]

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# Flujo de trabajo reproducible

## A- directorio de trabajo

## B- rutas relativas

## C- dinámica flujo

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# Directorio de trabajo

- proyecto **autocontenido**: reproducible sin necesidad de archivos externos

- requisito: establecer **directorio de trabajo**

- posición de referencia de todas las operaciones al interior del proyecto
  
  - también llamado **directorio raíz**
  
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# Estableciendo directorio de trabajo

- forma tradicionalen R:

- `setwd(ruta-a-carpeta-de-proyecto)`

- problemas: hace referencia a ruta local en el computador donde se está trabajando, por lo tanto no es reproducible y **se debe evitar**
  
- alternativa sugerida en R: **RStudio Projects**

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# RStudio Projects

- La funcionalidad **Projects** de RStudio permite establecer claramente un directorio de trabajo de manera eficiente

- Para ello, genera un archivo de extensión **.Rproj** en el directorio raiz de la carpeta del proyecto

- Luego se facilita acceder a la carpeta del proyecto en RStudio ejecutando desde el administrador de archivos del computador (file manager) el archivo **.Rproj**

- para comprobar, ejecutar `getwd()` y debería dar la ruta hacia la carpeta del proyecto

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.pull-left[
# RStudio Projects
- File -> New Project

![](https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/87562c4851bf4d0b0c8415dc9d6690493572e362/a6685/screenshots/rstudio-project-1.png)
]

.pull-right[
 
 
 
 
 
![](https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/0fa791e2621be297cb9c5cac0b2802223e3d7714/57d89/screenshots/rstudio-project-2.png)
]

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# RStudio Projects

.center[
![](https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/dee6324df1f5c5121d1c1e9eed822ee52c87167b/1f325/screenshots/rstudio-project-3.png)
]

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# Rutas relativas

- forma de "señalar el camino" para abrir y guardar archivos al interior de una carpeta de proyecto autocontenido (= sin referencias locales)

- este camino tiene básicamente 3 direcciones:

- bajar -> hacia subcarpetas
  
  - subir -> hacia carpetas superiores
  
  - subir y bajar -> hacia otras subcarpetas

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# Rutas relativas: bajando

- para **"bajar"** hacia a una subcarpeta, simplemente damos la ruta de la carpeta/archivo

- ej: si estoy en el archivo paper.Rmd (directorio raíz), y quiero incluir una imagen (directorio input/images/imagen.jpg), entonces la ruta es `input/images/imagen.jpg`
  
  - o para señalar la ruta al bib desde paper.Rmd (en raíz): `input/bib/referencias.bib`

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# Rutas relativas: subiendo

- para **subir** se utilizan los caracteres `../` por cada nivel.

- Ej: si quiero guardar una tabla en el directorio raíz generada desde un archivo de código en la subcarpeta proc, entonces la ruta es `../tabla.html`

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# Rutas relativas: subiendo y bajando

- combinación de las anteriores

- Ej: para abrir la base de datos original en la subcarpeta input/data desde el código de procesamiento en la subcarpeta proc, entonces: `../input/data/original.dat`

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# Diagrama flujo principal de trabajo

![](https://multivariada.netlify.app/images/produccion2.png)

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class: inverse

# Resumen

## - protocolos (mapa)

## - rutas relativas (caminos)

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class: front

.pull-left[
# Ciencia Social Abierta
## cienciasocialabierta.netlify.com
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## Juan Carlos Castillo
## Sociología FACSO - UChile
## 1er Sem 2020
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.pull-right[
.right[
![:scale 70%](https://cienciasocialabierta.netlify.com/img/hex_multiva.png)
]

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